从黄花塘到千棵柳（盱眙、天长、来安三县交界处）的新四军军部（1945.2.28—9.19），本打算再移到盐阜地区，后因日本很快宣布投降，三师于9月6日攻克了淮阴城，为了适应形势的变化便于指挥，新四军军部决定从千棵柳移驻淮阴城。

9月19日，中共中央在《关于目前任务和向南防御、向北发展的战略方针的指示》中，提出“因山东八路军主力及大部分干部调往东北，由新四军调8万主力到山东和冀东。将江南新四军主力撤返江北。罗荣桓到东北工作，中共中央华中局移至山东，与山东分局合并组成华东局”，饶漱石任华东局书记，陈毅任副书记，领导山东和华中两大战略区。现在的华中局改为分局，受华东局指挥，干部另行配备。

10月25日开始，新四军军部由淮阴城迁往山东临沂城。

11月下旬，饶漱石、张云逸离开淮阴，于12月2日到达山东临沂，与10月5日先期到达临沂的陈毅会合。

此前的8月26日，中共中央任命陈毅为新四军军长，饶漱石兼新四军政委；10月20日，中央任命陈毅为新四军军长兼山东军区司令员；11月13日，中央任命饶漱石为华东局书记、新四军兼山东军区政委。12月18日，中共中央批准华东局组成名单，以饶漱石、陈毅、黎玉、张云逸、舒同为常委（26日，增补郭子化、李林为常委），饶漱石为书记，陈毅、黎玉为副书记（山东、华中两战略区合并后增补邓子恢为副书记）。

1946年12月26日，中共中央军委批准了新四军兼山东军区其它领导的配备，副军长张云逸兼任副司令员（4月罗炳辉任第二副军长兼第二副司令员），山东军区副政委黎玉兼新四军副政委，陈士榘任新四军兼山东军区参谋长，舒同任新四军兼山东军区政治部主任，袁仲贤任副参谋长，唐亮任政治部副主任。军区挂新四军军部、山东军区司令部两块牌子。

华东局机关驻临沂城西门里路南原德国医院的旧房子里。新四军军部及山东军区机关驻临沂天主教堂院内。

山东军区下辖滨海、鲁中、鲁南、胶东、渤海军区。滨海军区司令员陈士榘、政委唐亮，鲁中军区司令员王建安、政委向明，鲁南军区司令员张光中、政委傅秋涛，胶东军区司令员许世友、政委林浩，渤海军区司令员袁也烈、政委景晓村。

为与国民党争夺济南、徐州间津浦铁路沿线城市的控制，山东八路军部队和北上鲁南的新四军组成的津浦前线野战军，后改称山东野战军，新四军军长陈毅、山东军区副政委黎玉分别兼任司令员和政委，宋时轮任参谋长，唐亮任政治部主任，谢有法、张凯任副主任。

中共中央决定，在原华中地区组建华中分局和华中军区。华中分局于1945年10月24日成立，邓子恢任书记，谭震林任副书记，张鼎丞、粟裕、刘晓、邓子恢、谭震林、曾山为常委，受华东局领导。下辖8个地委，并领导中共在苏浙皖的根据地和上海、福建等地的工作。

10月8日，中央电复华中局，“同意粟裕留华中任司令”，同时决定从延安返华中的张鼎丞任副司令。粟裕认为，由张鼎丞担任司令，更有利于工作，有利于团结。第二天发电给中央：“昨天华中局阅悉中央以职及张鼎丞同志分任正副司令之电示，不胜惶恐。以职之能力，实不能负起重任。而鼎丞同志不论在才德资各方面均远较职为高超……”。但10月24日中央来电没有同意。10月27日又电中央，重申理由，最后中央才表示同意粟裕改任副司令兼华中野战军司令，张爱萍任军区副司令兼参谋长。

中央和华东局最后接受粟裕的建议，于11月10日组建华中野战军，下辖4个纵队，即原苏浙军区第一纵队扩编的第六纵队，由苏中部队组建的第七纵队，由原苏浙军区三纵扩编的第八纵队，由新四军二师、四师各一部组建的第九纵队。粟裕兼任司令员，谭震林兼任政委，刘先胜兼任参谋长，钟期光兼任政治部主任。

1945年11月1日，苏皖边区政府宣布成立。1946年9月，国民党军队进攻淮阴，华中分局和军区、苏皖边区政府撤退到山东。根据中央指示，陈丕显作为华中分局代表留在华中。1947年11月10日，华东局正式撤销中共华中分局和苏皖边区政府，成立华中工委，由陈丕显任书记。又成立华中指挥部（不久改为苏北军区），管文蔚任司令，陈庆先为副司令，陈丕显任政委，吉洛（姬鹏飞）为副政委，冯伯华任参谋长，但均直接受华东局和华东军区领导。

1946年12月25日，中共中央致电华东局：“为使华中与山东完全统一领导与统一收支，以击破国民党军队的进攻，同意华中分局与华东局、华中军区与山东军区、华中野战军与山东野战军的机关合并。”

遵照此电指示，1947年1月下旬，在临沂前河湾村，山东军区与华中军区、山东野战军和华中野战军合并，统一整编为华东军区、华东野战军。至此，新四军番号撤销。